Para archivos de Adobe Indesign con muchas referencias cruzadas, a veces se nota una ralentización del rendimiento del ordenador. Sin saber bien a que se debe, para solucionarlo lo mejor es volver copiar y pegar las referencias, esto hace que en algunos casos veamos, en lugar del número de página, el símbolo <?>, lo que nos indica que podría tratarse de que alguna referencia se había bloqueado y eso genera una especie de bucle de actualización de las referencias cruzadas.
Recomiendo hacerlo desde el principio, o a la que notemos que se ralentiza en archivo.